أجريت قرعة دوري المجموعات لكأس الاتحاد الأفريقي قبل بدء فعاليات دور 16 الرئيسي حيث تحددت المجموعات والتي جنبت لقاء الثنائي المصري في دوري المجموعات في حال تأهلهما لهذا الدور وتضع الثنائي التونسي الصفاقسي والنجم الساحلي في نفس المجموعة وجاءت القرعة على النحو التالي :
المجموعة الأولى :
- الفائز من سان جورج الأثيوبي وإنبي المصري
- الفائز من الملعب المالي وليديا أكاديميك البوروندي
- الفائز من الصفاقسي التونسي ورينجرز النيجيري
- الفائز من شبيبة بجايا الجزائري والنجم الساحلي التونسي
المجموعة الثانية :
- الفائز من مازيمبي الكونغولي وليجا موكلومانا المومبيقي
- الفائز من البنزرتي التونسي والاسماعيلي المصري
- الفائز من وفاق سطيف الجزائري وبيتام الجابوني
- الفائز من الفتح الرباطي المغربي والجيش الملكي المغربي